Staden blev kristen runt år 600 efter Kristus av visigoderna. Morererna erövrade staden 120 år senare men kung Alfonso VI återtog marken för gott och år 1096 lät han sin svärson, greve Raymond av Burgundy, kolonialisera området. Området återbefolkades av kastilier, portugiser, galicier, judar, fransmän och mozarabiska nybyggare.
Ett viktigt år i Salamancas historia var år 1218, när kung Alfonso IX grundade Allmänna Studiet, föregångare till Salamanca Universitet. Dess utveckling växte till stor utsträckning mycket tack vare Fernando Santo och Alfonso X ”Den Vise”, vilka ger namn åt universitet och före detta Allmänna Studiet.
År 1254 utnämnde påve Alexander IV Salamanca Universitet till “en av världens fyra ledstjärnor” (tillsammans med Oxford, Paris och Bologna). Christopher Columbus besök i Salamanca och det faktum att de Dominikanska prästerna från San Esteban klostret gav honom sitt beskydd i drottning Isabels närvaro, ledde till slut till Amerikas upptäckt. Slutet av 1400-talet blev den katolska teologins reformtid, vilken backades upp av Trentorådet mot protestanter.
Många kända personligheter har besökt och studerat på Salamanca Universitet. En av dessa var Fray Luis de Leon, en framåttänkande renässans-vetenskapsman på slutet av 1500-talet. Hans idéer gjorde att hans kollegor tvingade honom till Inkvisitionen och han hölls fängslad under ett flertal år. Han återkom till samma klassrum samma dag som han släpptes fri från fängelset och han sammanfattade sin föreläsning med dessa kända ord: ”Som vi sa igår”.
Kejsare Felipe II gifte sig med Maria av Portugal i Salamanca år 1543. Senare deltog Salamanca i en del av Successionskriget, då de stod på Felipe den femtes sida. Denne bestämde sig sedan för att återuppbygga Plaza Mayor år 1710, som ett bevis på sin tacksamhet.
Under 1900-talet var Salamanca framför allt koncentrerat till det kulturella och litterära livet runtomkring universitet. Stora personligheter såsom Miguel de Unamuno och Gonzalo Torrente Ballester har bidragit till att ge både universitetet och Salamanca som stad mycket prestige. I början av 2000-talet utnämndes staden till Europas kulturhuvudstad, vilket år 2002 gav nya impulser till denna dynamiska och kosmopolitiska.